Глубоко законспирированный агент под прикрытием приходит в себя на подводной лодке ЦРУ. В фильме «Черные воды» рассказывается о том, как они предали и захватили широкопрофильного секретного агента Скотта Уилера. Агент ЦРУ быстро разобрался и нейтрализовал гипнотический шприц. Самое печальное, что когда он был схвачен, агенты ЦРУ убили свою подругу. Оправившись, он понял всю проблему этой ситуации. Его схватили и посадили в одну комнату с неизвестным человеком. Когда он беседует с незнакомцем, он обнаруживает, что отсюда невозможно убежать, потому что эта комната находится на подводной лодке, и она, в свою очередь, находится в водах Атлантического океана. Решение этой проблемы усугублялось стиранием памяти. Однако для него нет такого слова - это невозможно. Немецкий агент Марко пришел ему на помощь. На них лежит задача нелегкая задача разгадать всю загадку о предательстве...